Sam Witwicky sta per partire per il college, costretto a separarsi dalla sua famiglia e dalla sua ragazza Mikaela. Improvvisamente viene colto da visioni che gli attraversano il cervello come lampi. Preoccupato Sam non rivela a nessuno il suo problema fino a che non può più fare a meno di ignorare i messaggi e i simboli che compaiono nella sua mente: il giovane si troverà nuovamente coinvolto nella guerra senza confine tra Autobot e Decepticon in cui è ancora una volta in gioco il destino dell’universo.