Al termine di “The Bourne Ultimaton” Jason aveva scoperto il programma medico illegale per creare super agenti. Adesso il progetto “Blackbriar” sta per diventare di dominio pubblico e la Cia è determinata a far sparire i laboratori di farmaci e a eliminare gli agenti coinvolti. Il colonnello Eric Byer, incaricato della missione, troverà un osso duro in Aaron Cross, un super agente che lavora per la Treadstone e fa parte di ‘Outcome’, un programma estremamente sofisticato di difesa nazionale.