Nell’anno 2259, il capitano Kirk viene accusato di insubordinazione per aver mostrato agli indigeni la sua nave. Per questo motivo la Flotta stellare lo punisce sollevandolo dal comando e separandolo dal suo primo ufficiale e amico Spock. Ma un nuovo pericolo incombe e la Flotta stellare è costretta a tornare sui suoi passi e richiamare Kirk e il suo equipaggio: un essere umano geneticamente modificato si è risvegliato con l’obiettivo di distruggere la Terra. Ma questa non è l’unica minaccia…