Quando i Men in Black la aiutano a fuggine da una creatura aliena, Molly è soltanto una bambina e da quel giorno non solo custodisce il segreto dell’esistenza degli alieni, ma desidera anche di diventare un agente segreto in tailleur e cravatta neri. Una volta cresciuta, riesce a scovare il quartier generale dei Men in Black e a convincere l’Agente O a prenderla in prova. L’Agente M bene presto proverà di essere all’altezza della situazione e affiancare l’Agente H, indisciplinato e sbruffone in missione..