Hunt e la sua squadra di agenti IMF corrono contro il tempo per rintracciare un pericoloso terrorista dal nome in codice “Cobalt”, che è entrato in possesso dei codici di lancio dei missili nucleari russi. La vera identità di “Cobalt” è nascosta negli archivi del Cremlino e Hunt e colleghi vi si infiltrano e si ritrovano loro malgrado coinvolti nell’esplosione dell’intero palazzo. il Presidente degli Stati Uniti è costretto quindi ad attivare il “Protocollo fantasma” e l’intera Impossible Mission Force viene dismessa.